主要是对官方文档的翻译, 简单看看得了

1. 序列图文件 (Sequence Graph Files)

.vg: vg 的原生格式。基于 Protocol Buffers 的二进制格式。用于存储序列图及其比对（alignments）。可以使用 vg view 将其转换为其他格式。这是 vg 大多数命令的默认输入/输出格式。
.xg: 高度压缩的索引格式，针对图的快速遍历（traversal）和查询进行了优化。由 vg index 构建。是 vg map、vg find、vg snarls 等命令的主要索引。
.gcsa / .gcsa2.lcp: 图的 GCSA2 索引。由 vg index 构建。是 vg map 用于种子定位（seed finding）的索引。
.gbwt: 图的 GBWT 索引（Haplotype 索引）。由 vg index 构建。是 vg map 和 vg call 使用的索引。
.snarls: 存储图的 snarl 分解信息（由 vg snarls 生成）。
.dist: 存储节点之间的距离信息（由 vg index 构建）。
.vg.sql: 图的 SQL 数据库表示（beta）。
.og: 覆盖图（overlap graph）格式（由 vg overlap 生成）。
.pg: 路径图（path graph）格式（由 vg mod -P 生成）。

2. 比对文件 (Alignment Files)

.gam: vg 的原生比对格式（基于 Protobuf 的二进制格式）。存储相对于图的读取数据（reads）比对结果。是 vg map 的默认输出格式。可以使用 vg view 转换为其他格式。
.gamp: 与 .gam 相同，但包含路径信息（由 vg annotate 生成）。
.gaf: GAF 格式。一种基于文本的、描述相对于图的序列比对的格式。
.gam.index: .gam 文件的索引（由 vg index 构建）。用于快速按位置查询比对结果。
.bam / .cram / .sam: 标准序列比对格式（相对于线性参考基因组的比对）。vg 可以通过 vg surject 将 .gam 转换为这些格式，也可以通过 vg mpmap 直接输出 CRAM（beta）。
.hts: 一种描述单倍型定相路径（haplotype-phased paths）的格式（beta）。

.vcf: 标准变异调用格式（Variant Call Format）。vg 可以通过 vg deconstruct 从图中提取变异，也可以通过 vg call 从 .gam 比对结果中调用变异。
.tsv: 由 vg find 生成的变体位点（variant site）表格。

.gfa: 图形片段组装格式（Graphical Fragment Assembly format）。一种基于文本的序列图交换格式。vg 可以通过 vg view 在 .vg 和 .gfa 之间转换。也支持 rGFA（参考 GFA）。
.fa / .fasta: 标准 FASTA 格式（用于序列）。vg 可以通过 vg view 从图中提取路径或节点的序列。
.fq / .fastq: 标准 FASTQ 格式（用于带质量的测序读取数据）。vg 可以读取 FASTQ 作为 vg map 的输入。
.bed: BED 格式（用于定义基因组区间）。vg 可以通过 vg find 使用 BED 文件来查询图或提取子图。
.json: 由 vg viz 生成的图形可视化描述文件（供 Bandage 使用）。
.odgi: ODGI 格式。另一种基于 Protobuf 的序列图格式（vg 可以通过 vg convert 进行转换）。